Sur une lenny avec install de bureau basique, j'ajoute dans /etc/apt/sources.list contrib & non-free (oui, je sais, saimal !), puis le paquet debian-multimedia-keyring puis un dépot debian-multimedia. Ensuite :

alias apin='aptitude install'
# outils système et réseau
apin openssh-server ssh
apin apt-file iftop hdparm htop make rsync screen rsnapshot 
apin gedit-plugins joe lftp lynx ntpdate
# claws (mon mailer favori)
apin claws-mail claws-mail-archiver-plugin claws-mail-attach-remover claws-mail-cache-saver  claws-mail-doc claws-mail-feeds-reader claws-mail-html2-viewer claws-mail-i18n claws-mail-multi-notifier claws-mail-newmail-plugin claws-mail-pgpinline claws-mail-pgpmime claws-mail-smime-plugin claws-mail-trayicon
# apache2, mysql5, php5
apin mysql-server openssl apache2 libapache2-mod-auth-plain php5 php5-cli php5-curl php5-gd php5-imagick php5-mcrypt php5-ming php5-mysql php5-sqlite3 php5-tidy php5-xsl phpmyadmin
# on remplace swfdec par le flashplayer officiel adobe
aptitude purge swfdec-mozilla
# => ça vire le paquet gnome et pas mal d'autres paquets virtuels
apin flashplayer-mozilla
# java
apin sun-java6-jdk
# gui pour choisir les altrenatives
apin galternatives
# driver nvidia proprio
apin nvidia-glx nvidia-settings nvidia-xconfig
# pour avoir numlock activé dans gdm et X
apin numlockx
# graphisme
apin gcolor2 dia-gnome
# codecs
# qq polices sur (dont MS)
apin sun-java6-fonts ttf-freefont gsfonts-other ttf-mscorefonts-installer
# audio / video
apin listen avidemux vlc xine-ui w32codecs
# TV
apin xdtv
# utilitaires
apin fslint brasero stardict

• Eclipse
• netbeans (nettement moins lourd et quasi aussi complet, avec un petit bug)
• bluefish, quanta (qt), etc.

• dia, avec tedia2sql qui construit le code sql à partir du diagramme (cf un exemple), existe en paquet debian & ubuntu, et uml2php5 pour le code php (plugin dia à télécharger). Cf aussi ces liens.
• umbrello (pas testé)
• ArgoUML (pas testé) http://argouml.tigris.org/

• meld (diff graphique), à noter qu'il existe un excellent outil de diff graphique, mais non-libre et payant (30$, m'enfin, pour une fois qu'un éditeur commercial porte un soft sous *nix), beyond compare
• installeurs multi plateformes : installjammer (autonome) et izpack (nécessite java installé)

• id3v2 - liste (colonnes) et écrit
• id3ed -i fichier : liste (et ecrit)
• eyeD3 ecrit (et converti)
• lltag écrit / renomme tags (avec regexp)
• tagtool donne des infos sur le fichier (bitrate & co)

• avidemux, un éditeur vidéo de référence… facile à scripter pour des réencodages.
• dvdauthor pour créer un dvd (à partir d'un fichier xml)
• tovid pour créer un dvd (à partir d'un avi, utilise transcode et dvdauthor)
• acidrip pour passer d'un dvd à un avi (permet de n'extraire qu'une piste)
• dvdstyler : authoring dvd

• stardict, avec des dicos sur http://www.stardict.org/wikipedia/wiktionary/, http://stardict.sourceforge.net/Dictionaries_fr.php et http://stardict.sourceforge.net/Dictionaries_dictd-www.dict.org.php

• pdftk, manip de pdf en tout genre (Merge, Split, Rotate, Decrypt, Encrypt, Fill PDF Forms with X/FDF Data and/or Flatten Forms, Generate FDF Data Stencil from PDF Forms, Apply a Background Watermark or a Foreground Stamp, Report PDF Metrics, Update PDF Metadata, etc.
• pdfedit : comme son nom l'indique… dispo dans lenny & gutsy (prendre pdfedit_0.3.1-1_i386.deb pour etch, trouvé là et là.)
• jpdftweak pour manipuler du pdf avec une GUI (en java)
• fpdf lib pdf pour php (générer)
• phppdflib une autre
• iText une lib java
• pdf split and merge une autre lib java

• iotop permet de voir les processes qui font des I/O (et les quantités) en console
• qpxtool : pour vérifier la surface d'un CD (entre autres, cf http://qpxtool.sourceforge.net/)
• fslint : un outil (cli ou gui) pour trouver les fichiers en double, les noms de fichiers foireux, etc… (voir aussi fdupes, cli pour trouver les fichiers en double, et findimagedupes pour les images).
• conduit : outil de synchronisation de dossiers (disque local/usb, desktop/portable, etc…) mais aussi de notes, marques-pages, adresses, etc. (billet en fr sur http://blog.burninghat.net/2007/10/12/gnome-conduit-ultime-synchronisation/)
• Synkron, ifolder, et dirsyncpro sont 3 autres soft de synchro 2 voies (cf Comparison)

• glipper : un gestionnaire de presse papier pour gnome
• compiz-switch, pour passer de compiz à metacity en 1 clic
• gobby http://gobby.0x539.de/, un éditeur texte qui permet l'édition à plusieurs en live, celui qui ouvre la session devient le serveur. Fenêtre de chat intégrée.

• pour gérer un catalogue générique (fichiers ou objets “matériels”), gcstar est à regarder (successeur de gcfilms)
• Pour la gestion de dvd d'archives, il y a les anciens gtktalog (gtk1) et gwhere (dernière release en 2007, mais toujours gtk1), mais il semble y avoir des successeurs gtk2 avec cdcollect et gnomeCatalog. Un ancien (2005) équivalent qt cdcat.
• Cf le résultat de recherche “catalog” sur sourceforge

Outre les CMS/ECM/GED déjà listés,

• hyla : un gestionnaire de fichiers php/mysql
• eyeOS : un bureau virtuel, avec pseudo applis bureautiques online (http://www.eyeos.org pour les infos).
• http://www.oos.cc/ un autre…
• http://www.ulteo.com/ un autre bureau virtuel, qui apparemment peut lancer toute appli linux, en gros un export X11 à travers un navigateur (via plugin java).
• springnote un wiki wysiwyg (utilise Xquared, en javascript).
• http://www.xwiki.com et la solution de portail de W collab http://www.exoplatform.org/ (cf aussi http://www.curriki.org/ qui l'utilise)
• http://www.zimbra.com/

• bigbluebutton
• kablink
• dimdim n'est visiblement plus libre depuis que salesforce l'a racheté.

Pas testées…

• http://www.framasoft.net/rubrique387.html
• http://gallery.menalto.com/
• http://www.picsengine.com/
• http://coppermine-gallery.net/
• http://www.creation3d.org/galerie_dynamique/ (flash, gratuit mais pas libre)
• http://fr.piwigo.org/

et aussi

• http://www.phraseanet.com/ (solution de gestion des médias numériques, va au delà d'une galerie)